PRIMERA TEMPORADA
La primera temporada de la serie tiene poco desarrollo, haciéndose las verdaderas revelaciones en los últimos capítulos de la misma. El resto de los episodios son "de relleno" ya que en cada uno de ellos el grupo de amigos descubre un intento de ataque de XANA, luchan contra él, lo detienen y regresan en el tiempo.
Como complemento para evitar la monotonía de la saga, se incluyen relaciones entre los protagonistas y otros estudiantes y profesores de la escuela, con sus padres, familiares, etc. Durante todo esto, Jeremie trabaja en un programa para "materializar a Aelita" (transportarla desde el mundo virtual hasta el mundo real) y así poder apagar el superordenador para olvidarse de XANA. Al final de la temporada, Jeremie logra su objetivo pero XANA infecta a Aelita para que siga ligada a Lyoko y no puedan así apagar la superordenador.
SEGUNDA TEMPORADA
La segunda temporada, en contraste con la primera, es más enfocada
La animación es más realista y detallada y la personalidad de algunos personajes cambian. Al comienzo de esta porción de la serie, Aelita vive en la tierra y llega al internado bajo el nombre de Aelita Stones, presentándose como una supuesta prima de Odd y que procedía de Canada.
Aelita comienza a tener visiones de una vida que ella supuestamente nunca vivió y descubren a una persona llamada Franz Hopper que podría tener conexión con Lyoko. Además, descubren un quinto sector (llamado Cartago) en Lyoko que es donde habita XANA y por el cual pueden llegar hasta sus datos y destruirle.
Mientras tanto, XANA crea y envía un monstruo llamado Scyphozoa para robar la memoria de Aelita. Finalmente, se revela que Aelita es hija de Franz Hopper y que su nombre verdadero es Aelita Schaeffer.
TERCERA TEMPORADA
En la tercera temporada, XANA logra poseer a Aelita y le ordena que borra todos los sectores menos el número cinco, donde él habita. A pesar de que el grupo de amigos trata de impedirlo, XANA tiene éxito en su operación. Sin embargo, después de todo, Jeremie frustra los planes de la entidad maligna encontrando un método por el cual ingresar al sector cinco sin necesidad de hacerlo por medio de otro sector.
Considerando que XANA ahora es más poderoso que antes, el grupo decide agregar a William Dunbar al equipo. Esto resulta ser un error desastroso ya que el Scyphozoa logra poseerlo y XANA consigue inutilizar la supercomputadora y, supuestamente, también destruye Lyoko. Dentro de la máquina vacía e inútil, William se transforma en una versión oscura de sí.
En esta temporada Aelita ya es libre, por lo que sin Lyoko puede permanecer viva de todos modos. Sin embargo, la destrucción del mundo virtual obstruiría las posibilidades de que pueda conocer a Franz Hopper, su padre, pero increíblemente Jeremie recibe un mensaje cifrado de esta persona a través de Internet que demuestra que no todo está perdido.
CUARTA TEMPORADA
En la cuarta temporada, se revela que Lyoko no fue destruido completamente. Jeremie y Aelita intentan restaurar el sector cinco y logran continuar el seguimiento de XANA.
El grupo tiene nuevos uniformes y armas más potentes. Viajando en el Mar digital con un buque sumergible creado por Jeremie, el Skidbladnir (Skid), el grupo se encuentra una serie de "Replikas" que recrean a Lyoko. Cada una de estas Replikas sólo tiene un sector y estas son controladas por otro superordenador a su vez controlado por XANA. Jeremie crea una forma de materializar sus amigos en el sitio en la Tierra de estos superordenadores con sus capacidades intactas de Lyoko. Mientras tanto continúan combatiendo a William y en el episodio 93 (Vuelta a la Tierra) logran que vuelva a la normalidad a la Tierra y el Skid es destuido por el Koloso. Franz Hopper es destruido segundos antes de que Aelita pudiera acabar con XANA. La temporada acaba cuando cada uno habla sobre sus mejores recuerdos antes de desactivar el superordenador
QUINTA TEMPORADA.
¿? (de momento )
